然而，在近期举办的主题为“激光医学发展战略――问题与对策”的青年科学家论坛活动中，学者们却对这一领域现状表示忧虑。无论是基础研究、临床应用到医疗设备产业化普遍存在制约发展的各种问题。有学者指出，毫无疑问，中国在激光医疗的服务对象和相关设备市场方面都是世界上最大的。中国激光研究和激光技术搞了40多年，但很多技术没有解决好，关键是对基础研究不够。我们缺乏基础数据，尤其是在激光与人体组织相关作用方面中国人的数据。
据介绍，我国激光医疗设备行业目前的现状是散、乱、差、小。行业没有发展规划；缺乏有组织的上下游合作；没有明确的专业分工；甚至没有可信的统计资料。没有广泛认可的质量要求，事实上没有知识产权保护；“准入制度”很多地点、很多场合是形同虚设。生产商最热衷的是降低成本，如何瞒过药监局进市场。与国外先进设备相比，花几十万买来的设备，器件质量不行、总体性能不行、可靠性和寿命不行、外观和使用方便性也不行，失去了基本的信任。“国产的东西就是不行”已经成了医学界的口头禅，尤其是大医院的口头禅。
由于基础研究不足，带来了激光医学在临床的治疗方面创新少，范围只局限在适应症和疗效确定的成熟技术方法的常规使用上。然而，即使目前最安全简便，最普及（已普及到卫生院、医务室）的弱激光治疗，机制也仍不清楚。临床诊断缺乏成熟的方法，许多问题还只处于研究阶段。
有学者提出，激光医学作为一门交叉学科，它的发展必须依赖各个学科的协作。尤其是医学临床与基础学科、光学、电子计算机科学和医用激光制造商、工程技术人员的的共同奋斗。医学专家不仅要有临床医学的知识，也要具备与其他学科交叉的知识和能力。但这一问题的欠缺制约了发展。目前的情况是：物理学家搞设备却与临床需要脱节；医学专家又不懂物理，有需求却无法表达，科研立项与解决实际脱节、设备研发与药物研发脱节，医疗与设备之间常使人有种隔靴搔痒的感觉。
教育上没有一个学科位置，是学者们关注的另一个焦点。有人认为，激光医学是一门新兴的学科，应当纳入正常的学科建设。但到目前，激光医学的学科排位沿用的是图书馆图书的排位，在高校学科归类也始终没有明确位置。另外，国家有关部门颁发的资格评审标准中没有激光医学专业人员的标准，也是年轻人不愿从事这门专业，普遍存在后继乏人危机的根源。我国有世界上最大的光学光电子学学生群体；有世界上最大的医学和生命科学学生群体；还有世界上最大的相关学科研究队伍。但是大家都在抢吃“最后一个馒头”。大学、研究所和企业中做基础性工艺技术研究的在减少。
根据激光医学在未来可能面临的挑战和机遇，学者们一致建议，应携起手来，加强各环节的合作是关键，医疗设备行业如果没有与医生和生命科学家的精诚合作，激光医疗设备注定是搞不好的。并呼吁，明确发展方向，加强基础学科研究，发挥交叉优势；建立标准、抑制暴力，破除形形色色“垄断”和“壁垒”。
